העדשות לשתי המצלמות כמעט זהות. ניתן להרכיב ולהחליף בניהן. הבדל היחידי הוא בנושא המיקוד אוטומטי. כאשר אתה מתקין על D5000 עדשה ללא מנוע מיקוד עליך לבצע מיקוד ידני. בעוד שב D90 יש מנוע מיקוד משלה. זהו למשל אחד ההבדלים
ניקון מתחילה יעדה את ה5000 כמצלמת סף כניסה כאשר ה 90 היא לשלב ב